Container engines in High Performance Computing: alcune storie di utilizzo in CINECA

In High Performance Computing si privilegia l’ottenimento delle massime prestazioni rispetto alla flessibilità dell’ambiente di esecuzione. Perciò, già da diversi anni si sta diffondendo l’utilizzo di container engines per poter indirizzare workflow sempre più complessi. Dopo un breve aggiornamento circa l’evoluzione e lo stato dell'arte nell’utilizzo dei container in ambito HPC, verranno presentati quattro casi d'uso attualmente in produzione in CINECA, tre realizzati mediante 'Singularity' e uno mediante 'Podman'. Più nel dettaglio, 'Singularity' sarà presentato come container engine per l'esecuzione di 'Alphafold', di 'Flac3d' in ambiente CentOS/RedHat e del clients iRODS su server PowerPC. Il primo applicativo viene distribuito solo come immagine containerizzata e viene utilizzato in ambito bioinformatico per la predizione della struttura 3D delle proteine, il secondo viene distribuito unicamente per ambiente Debian ed è utilizzato per la modellizzazione di strutture solide continue, mentre il terzo è un client disponibile solo per architetture x86_64 per l’utilizzo del software di data management open source iRODS. Infine, dato che all’interno della sua istanza GitLab CINECA fornisce un servizio di continuous integration in esecuzione su alcuni server dedicati dei sistemi HPC, sarà presentato il caso d’uso in cui i container fungono da ambiente di esecuzione (runner) per i job delle pipeline di continuous integration. Come container engine sarà mostrato l’utilizzo di 'Podman' che permette di eseguire pipeline CI GitLab su architetture PowerPC in modo sicuro.

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